Il Dipartimento è suddiviso in tre settori operativi, il cui compito è quello di effettuare un monitoraggio della propria area, di far emergere eventuali problematiche e di contattare di volta in volta la Direzione:
Presso i diversi reparti dell'Ospedale Civile sono attive le segreterie didattiche, che comunicano direttamente con gli studenti della Facoltà di Medicina e con i medici iscritti alle Scuole di Specializzazione afferenti al Dipartimento.