Il Dipartimento di Matematica è nato nel 1999. Prima di allora i docenti di Matematica afferivano al Dipartimento di Elettronica per l'Automazione, ma era sentita l'esigenza di istituire un Dipartimento di Matematica in cui gli interessi di ricerca e l'attività didattica fossero omogenei.

Il Prof. Claudio Giorgi è il promotore della fondazione del Dipartimento e ne è stato anche il primo direttore.