Convento di San Faustino
I chiostri e gli edifici appartengono a un complesso conventuale benedettino risalente al IX secolo e ricostruito interamente a partire dai primi anni del cinquecento. Esso comprendeva la chiesa di S. Faustino, tre chiostri, un cortile rustico e gli orti.
II primo chiostro, risalente al secolo XVI, è detto, nelle carte antiche, "della campanella" ed è quanto resta dell'ingresso conventuale cui si accedeva attraversando un ponte sul fiume Garza che percorreva l'attuale Via S. Faustino.
Il chiostro grande, detto anticamente "dei cipressi", fu terminato nel 1534 per opera di Andrea Moroni, divenuto successivamente architetto pubblico di Padova. Le sue arcate, che poggiano su coppie di colonne, lo accomunano ad altri chiostri coevi dello stesso ordine benedettino a Milano, Venezia, Reggio Emilia. La sacrestia ed il refettorio (sale "regolari") sul lato orientale del grande cortile si dispongono lungo una infilata prospettica tracciata da un capo all'altro del corpo di fabbrica.
Sul fianco Settentrionale del chiostro maggiore si apre il cortile rustico, anticamente destinato a stalle, legnaie, deposito, officine quali la lavanderia e le stanze collegate a un forno ormai scomparso. Sul lato opposto e su quello Occidentale, parallelo alla Via S. Faustino, si aprivano le stanze dove erano collocate le stalle, il lavatoio e le officine. Al primo piano, quattro gallerie portavano alle residenze e alle sale dei monaci lungo i quattro lati del chiostro grande. Nel corpo orientale stavano le 36 celle distribuite lungo una galleria estesa per 90 metri e conclusa alle estremità da due grandi, monumentali bifore.
Di queste celle, caratterizzate dalle finestre che appaiono all'esterno raggruppate in coppie, è da visitare la quarta dove sono stati ritrovati nel corso del restauro alcuni affreschi di Gian Domenico Tiepolo, tre dei quali di soggetto mondano tipico di quell'artista. Furono dipinti probabilmente nel tempo delle decorazioni eseguite alla metà del secolo XVIII sulle pareti e sulla volta del corpo della chiesa e della sala dell'Abate.
Un'altra sala dalla volta affrescata è adiacente alla galleria maggiore. La pittura seicentesca rappresenta una prospettiva architettonica, al centro occupata da un Padreterno creatore della Terra e del Sole. Quattro simboli nobiliari decorano gli angoli della sala.
All'estremità Nord della galleria maggiore, attraversando i vani in origine occupati da alcune celle, si accede alle sale nelle quali i militari, durante il periodo in cui il complesso era occupato da una caserma, avevano allestito una camerata, ricavata frazionando in altezza l'antico refettorio. Ora quel vano è stato adattato ad Aula Magna della sede universitaria. Dalla galleria minore, ortogonale al dormitorio, si accede alla scala Orientale, la cui volta è decorata dalla figura centrale del Creatore benedicente e da viticci e fogliame disposti lungo gli spigoli delle lunette. La pittura cinquecentesca è riapparsa durante i lavori di restauro, ed apparteneva certamente a una sala poi scomparsa per far luogo alla scala e qui trasferita dai militari demolendo l'originaria collocata nel vano adiacente.
Monastero di Santa Chiara
L'Università occupa gran parte di un complesso edilizio che dal secolo XIII al primo Ottocento ha ospitato comunità conventuali femminili Francescane. L'insieme degli edifici fu rifatto verso il 1664 ad opera di Lazzaro Bracchi. Più tardi, al centro del complesso, fu allestito l'episodio dominante e di maggior rilevanza formale: la scalinata scenografica che dal chiostro d'ingresso si inerpica sulle balze della collina, raccordando natura e ambiente architettonico con rampe, ripiani, terrazze, tempietti e statue, così da offrire al visitatore singolari scorci sui paesaggio cittadino.
L'aveva progettata nel 1756 Ascanio Girelli riprendendo un motivo diffuso tanto nei giardini quanto nelle scenografie urbane e adottato anche nei vicini territori (a Rezzato, Bogliaco, Olgiate Calco, Arcore, Casalzuigno, Santa Maria Hoé). Le esperienze in questo campo avevano avuto la massima espressione nella celebre scalinata romana di piazza di Spagna, allestita nel terzo decennio del secolo. In Santa Chiara le rampe sono decorate da sculture importanti, tra le quali ha rilievo quella disposta al culmine dell'apparato prospettico, dominante anche per le sue dimensioni: l'edicola terminale ripara infatti nella nicchia centrale il marmo raffigurante Santa Chiara, attribuito ad Antonio Calegari (1699-1777), il piu noto esponente della famiglia bresciana di statuari. Sue opere ornano anche ambienti e architetture a Bergamo e Cremona. Le numerose destinazioni degli edifici nel tempo hanno causato rimaneggiamenti cospicui da cui sono stati risparmiati soltanto la scala centrale, i portici del chiostro dorico settentrionale, un lato d'ingresso e tratti dei cortili minori.